民国15年（1926年），学校更名为“爱群中学”；同年，南京基督教会在南京市中华路369号创建“明育女中”。
民国17年（1928年），中华民国南京国民政府要求私立中学备案，因两校规模较小，设备简陋，故而决定合并，各取原校名一字组建“育群中学”。
民国18年（1929年），育群中学正式注册，学校设男子部（原爱群中学校址），女子部（原明育女中校址），小学部（原爱群中学校内）。
民国26年（1937年），抗日战争全面爆发、南京沦陷后，育群中学先后迁至江宁县湖熟镇，上海市黄浦区，江西省赣县办学。
民国27年（1938年），时任校长蔡汝霖率部分师生到上海，加入基督教“华东联合中学”；留宁的师生由萧德庆主持，更名为“育德中学”继续办学。
民国29年（1940年），南京市立女子中学始建，校址在中华路许家巷内，为南京市中华中学的前身之一。
民国34年（1945年），抗日战争胜利后，蔡汝林率上海师生返宁，育群中学复校，仍设男子部，女子部，小学部。
民国35年（1946年），南京市立女子中学更名为南京市立第一女子中学。
1951年，育群中学女子部与南京市立第一女子中学合并，定名为“南京市第一女子中学”，校址在中华路369号（原育群中学女子部内）。两校合并后，原育群中学男子部学生分流到南京市第一中学，南京市第三中学等附近学校，原育群中学男子部校址及原南京市立第一女子中学校址均为南京市第一女子中学分校，原育群中学小学部由南京市政府接管，后更名为“中华路小学”。
1953年，学校被确定为江苏省重点中学。
1968年，南京市第一女子中学革委会成立，学校更名为“南京市东方红中学”，男女生兼收。
1970年，学校曾被定为南京棉毛纺织厂厂办学校。
1980年，学校被确定为江苏省首批办好的重点中学。
1983年，学校再度更名为“南京市中华中学”。
2002年，学校被批准为国家级示范高中。
2004年，学校被确定为首批江苏省四星级普通高中。
2009年，学校通过江苏省四星级普通高中复评。
2011年，南京市中华中学高中部搬迁至南京市建邺区兴隆大街208号，初中部在原址办学。 [1-3]
办学条件
办学规模
截至2017年2月，南京市中华中学初中部占地面积约26亩，建筑面积近3万平方米。 [4]
据2018年11月学校官网显示，南京市中华中学高中部占地100亩。 [1]
截至2017年3月，南京市中华中学高中部共有教学班55个，学生2700多人。 [2]
硬件设施
据2018年11月学校官网显示，南京市中华中学高中部校园主体建筑有教学楼、办公楼、实验楼、电教和图书综合楼、体育馆、餐厅和学生宿舍等，其中，教学楼共有3幢，可容纳60个教学班级，学生宿舍共有280间，可供1400人住宿，餐厅共有2个，可供2000人就餐。学校拥有全天候塑胶田径场一片、面积为2791平方米的大型文体中心一座，配有篮球、足球、排球、乒乓球、羽毛球等活动场地，能够满足中学生舞蹈、中学生健美操、中学生科技中心活动的需要。另有语音教室、音乐教室、美术教室、生物标本室、天文馆、多媒体报告厅、电视演播厅（含闭路电视）、远程录播教室等。 [1]
截至2017年2月，南京市中华中学初中部拥有标准全塑胶运动场和现代化的多功能体育馆，馆内有先进的篮球馆，羽毛球、乒乓球馆，体操、健美操、舞蹈训练房；拥有先进的电子交互式白板教室、理化生实验室、计算机教室、微格教室和先进的“E学习”教室，同时，学校还拥有藏书量达5万多册的图书馆和学生阅览室。 [4]
师资力量
截至2017年2月，南京市中华中学共有教职工221人，其中，全国劳动模范1人，江苏省特级教师4人，江苏省正高级教师2人，“江苏人民教育家培养工程”培养对象1人，江苏省“333” 工程培养对象1人，南京市学科带头人15人，南京市优秀青年教师5人。[!--empirenews.page--] [2]
全国劳动模范：张鸿亮
江苏省特级教师：徐飞、宋辉、张鸿亮、姜玉华
江苏省正高级教师：张鸿亮、姜玉华
“江苏人民教育家培养工程”培养对象：宋辉
江苏省“333” 工程培养对象：严龙文
南京市学科带头人：徐飞、邓奎市、张云、谢伟、韩恩峰、严龙文、李朝军、钱华、冯建农、张鸿亮、陶德华、周立新、姜玉华、张慧芬、李强
南京市优秀青年教师：于钦霞、肖岚、毛晓丽、邢嫣红、庄晓卉 [2] [4-5]
对外交流
截至2017年3月，南京市中华中学先后与美国罗利市桑德森中学、英国谢菲尔德中心学校、韩国大田山川中学建立了交往合作关系。 [2]
办学成果
学生成绩
- 高考成绩
2014年高考，南京市中华中学本科上线人数483人，名列南京市第三名，学校学生获2014年南京市空军招飞总分第一名。
2015年高考，南京市中华中学本科上线人数411人；文、理科实验班均取得了二本100%、一本超90%的成绩，学校学生获2015年南京市文科第一名。
2016年高考，南京市中华中学文化类一本上线人数264人，一本率53%，二本上线462人，二本率92.2%，学校囊括获2016年南京市理科第二名和2016年南京市文科第四名。
2017年高考，南京市中华中学一本上线人数378人，一本率72.1%，二本率99.8%，学校学生获南京市文科第三名。 [1]
- 学科竞赛
2000年至2013年，南京市中华中学学生共获得省级计算机竞赛奖励39人次，市级计算机竞赛奖励91人次，团体比赛奖项10项。 [2]
- 素质竞赛
2017年12月，南京市中华中学在南京市高中生国防知识竞赛获第一名。 [6]
教师成绩
2018年10月10日至10月12日，在江苏省高中历史优质课大赛中，南京市中华中学卞姗姗老师荣获江苏省历史优质课大赛一等奖第一名。 [7]
2018年10月，南京市中华中学卢向林老师被评为“2018年度空军招飞先进个人”。 [8]
学校荣誉
1989年至2003年，南京市中华中学连续14年荣获“南京市文明单位”称号。
1993年和2000年，南京市中华中学分别获评“江苏省德育先进学校”。
1996年，南京市中华中学成为江苏省电化教育示范学校。
1998年，南京市中华中学被教育部确认为“全国现代教育技术实验学校”。
1999年，南京市中华中学成为“江苏省青少年科技教育特色学校”。
1999年和2001年，南京市中华中学分别获“江苏省文明单位”称号。
2000年，南京市中华中学成为“江苏省青少年科技教育创新基地”。
2001年，南京市中华中学成为“江苏省绿色学校”。
2003年，南京市中华中学被评为“南京市模范学校”。
2004年，南京市中华中学成为“南京市计算机科技活动中心”。 [2]
2008年，南京市中华中学中国健美操协会确认为“国家青少年健美操培训中心”。
2011年，南京市中华中学获得南京市高中教学质量管理最高奖——综合奖。 [9]
2012年，南京市中华中学被江苏省教育厅确定为“数字化学习”试点高中。[!--empirenews.page--] [10]
2014年和2016年，南京市中华中学获南京市高中教学最高奖“教学质量突出奖”。
2017年，南京市中华中学获评首届“南京市文明校园”。 [11]
2018年10月，南京市中华中学被授予“2018年度空军招飞先进单位”荣誉称号。 [8]
2020年7月，被教育部认定为2019年全国青少年校园网球特色学校。 [12]
2021年11月23日，南京市中华中学（传承项目民族民间舞蹈）入选第三批全国中小学中华优秀传统文化传承学校名单。 [20-21]